Os novos personagens, porém, não são as únicas novidades de Ultimate Marvel Vs. Capcom 3. A empresa também modificou sutilmente o balanceamento de personagens e outros sistemas do game.
Também é possível perceber grandes mudanças no display do jogo. Agora, a barra de energia do personagem que está sendo utilizado pelo jogador é mostrada em destaque, bem como o indicador de X-Factor, efeito que possibilita o aumento da força e velocidade dos lutadores. A barra de especial, na parte inferior da tela, também foi modificada.